اسلام حضرت معصومه ( س ) حوزهء عظيم و با بركت قم را پايه‌گذارى نمود . امام نيز در پى استاد به قم مهاجرت كرد و در آن مهد علم و ايمان به فراگيرى علوم اسلامى و تزكيه و تهذيب نفس پرداخت و از محضر استادانى چون آيت الله حائرى و آيت الله شاه‌آبادى كسب فيض نمود . و با فراگيرى رشته‌هاى مختلف علوم اسلامى ، به دليل دارا بودن استعداد سرشار ، پشتكار و لياقت و اخلاق و فضايل پسنديده و والاى انسانى - اسلامى ، به زودى به درجهء عالى اجتهاد دست يافت . امام ، در سراسر دورانى كه مسائل علمى و اسلامى را با هوشيارى و كنجكاوى ويژهء خويش مىآموخت به فراگيرى مسائل اخلاقى و خودسازى و تهذيب و تزكيهء نفس اهتمام ورزيد . پس از درگذشت مرحوم آيت الله حائرى ، جلسهء درس فلسفهء امام خمينى از پرجمعيت‌ترين جلسات تدريس دانشگاه عظيم قم بود . بيش از پانصد طلبهء جوان براى بهره‌گيرى از محضر امام با شوق و شور در جلسهء درس ايشان حاضر مىشدند و گرد شمع وجودش پروانه‌وار حلقه زده از درياى بيكران علم و دانشش سيراب مىگشتند . در دوران حيات مرحوم آيت الله بروجردى ، كه زعامت حوزهء علميه را عهده‌دار بود ، امام يكى از درخشانترين چهره‌هاى علمى و يكى از بارزترين فضلاى حوزهء علميهء قم به شمار مىرفت . حوزهء تدريس ايشان از پرجمعيت‌ترين حوزه‌هاى درس و جلسهء فقه و اصول ايشان از باشكوه‌ترين جلسات بود . پس از درگذشت مرحوم آيت الله بروجردى ، امام خمينى از صدور اجازه براى چاپ رساله نيز ممانعت مىفرمود تا بالاخره گروهى از طلاب ، فضلا و مدرسين حوزهء علميه به طور دسته‌جمعى به حضور امام رسيده و اجازه گرفتند كه انديشه‌ها و فتاوى امام را با هزينهء خويش ، چاپ كنند . پس از مدتى نيز ، حاشيهء ايشان را بر كتاب عروة الوثقى نوشتهء مرحوم سيد محمد كاظم يزدى ، و سپس رسالهء عمليهء ايشان را چاپ و در دسترس مؤمنين و مسلمانان و دانش‌پژوهان قرار دادند . از اين پس ، امام زعامت حوزهء علميهء قم و مرجعيت تقليد مسلمين را عهده‌دار گرديد . امام كتابهاى بىشمارى در رشته‌هاى گوناگون فقهى و اسلامى نوشته است و در هر مايهء نبوغ خارق‌العاده و فكر مواج خويش در همهء رشته‌هاى مختلف علوم اسلامى ، فلسفه ، كلام ، منطق ، اصول ، عقايد ، فقه ، اصول اخلاق ، آداب ، علم الاجتماع ، حكومت در اسلام و بحثهاى حقوقى ، اقتصادى ، سياسى و . . . كتابهاى ارزنده و گرانقدرى به رشتهء تحرير درآورده است . فهرست تأليفات امام به شرح زير است : 1 . آداب الصلاة 2 . اربعين حديث 3 . اسرار الصلاة يا معراج السالكين 4 . كتاب البيع 5 . تحرير الوسيله 6 . توضيح المسائل ( رساله ) 7 . تفسير سوره مباركه حمد 8 . تهذيب الاصول 9 . حاشيه يا تعليقات امام بر شرح فصوص الحكم و مصباح الانس 10 . حكومت اسلامى يا ولايت فقيه 11 . كتاب الخلل فى الصلاة 12 . رساله فى الطلب و الاراده 13 . رساله‌اى مشتمل بر فوايدى در بعضى مسائل مشكله